La Iglesia fue construida como fruto de la fuerte devoción a María Auxiliadora, suscitada en Bollullos par del Condado. El primer Obispo de Huelva, don Pedro Cantero Cuadrado, encargado entre 1954 a 1964 de conformar administrativa y materialmente la diócesis onubense, creó el 1.11.1955 una nueva parroquia bajo el título de “María Auxiliadora”, proyecto urdido por el sacerdote bollullero don Juan Mairena Valdayo, para construir en Bollullos par del Condado. Todo ello en atención a la devoción de los antiguos alumnos salesianos que impulsaron, también, un proyecto de construcción de un colegio salesiano.
Los trabajos del centro formativo se iniciaron en 1962, sin que llegaran a construirse. La idea inicial fue entregar la dirección del centro salesiano y de la parroquia a los salesianos, pero estos lo rechazaron por algún desacuerdo en cuanto a la propiedad de la Parroquia de María Auxiliadora. En sus inacabadas obras comenzó la labor de la parroquia el 7.9.1963 con la toma de posesión del que fuera su primer cura ecónomo, don Lorenzo Limón Vélez y con la dirección del párroco de la ciudad don Antonio Vergara Abajo. En el altar se coloca una Cruz antigua de Cristo, de la Hermandad de la Vera Cruz, y un velo del mes de mayo, de la Virgen de las Mercedes.
Adosado a dicho templo, se proyecto un nuevo edificio, según planos del arquitecto Jesús Gómez Millán . El tempo actual, que culmina la avenida de la Coronación, se inauguro el 20 de junio de 1967. En 1991 se repararon las cubiertas y se levantó una espadaña con tres campanas. Culmina la Avenida de la Coronación .
Entre sus edificios sagrados, cuenta también con la Capilla de la Hermandad del Prendimiento, el cementerio parroquial y la ermita de la patrona, Nuestra Señora de las Mercedes, que da nombre al Centro de Formación Profesional anexo a la parroquia, propiedad de la diócesis.